“医学方”公开课第五期之GEO、TCGA数据库挖掘入门成功举办
2017-12-11浏览(938来源:团委-学联 
 撰稿:王家琦
 摄影:陈锦

  

 

  11月24日,由上海交通大学医学院学生联合会和“医学方”教育平台共同举办的线下公开课第五期——GEO、TCGA数据库挖掘入门在医学院图书馆演讲厅顺利举行。主讲嘉宾为医学方明星讲师豪斯医生。

  本次公开课层层深入,从数据挖掘、GEO、TCGA数据库介绍、数据研究全流程展示到实际操作演练,豪斯医生教授了一堂别开生面、精彩纷呈的数据挖掘课程。在豪斯医生幽默的语言和丰富的专业知识下,同学们的视野得到了拓展,并且习得了新的技能。

  第一部分的主题为数据挖掘及GEO数据库介绍和简单使用。一开始,豪斯医生用有趣的表情包和图片向同学们介绍了数据发掘和其在各个方面的重要意义。之后用多个例子展示了数据挖掘可挖掘到的数据类型,展现了数据挖掘的强大功能性和必要性。

  紧接着,豪斯医生通过现场实际操作的方式为同学们介绍了GEO数据库,从平台、样本、系列、数据集组及表达谱等方面进行了细致的讲解。通过具体实例为同学们展示了数据库检索方法和在线工具分析方法。然后打开R语言编辑平台的下载网页,向同学们介绍了编辑软件的下载安装方式,并简单地与同学们分享了平台内其他安装包的选择和几本可提升R语言使用水平的书籍。

  第二部分旨在指导SCI论文写作,通过多步数据挖掘整理找到所需内容。豪斯医生首先提出,通过利用数据挖掘的方法,甚至可以在不做实验的前提下完成论文的大框架。随后,分别从芯片质量评估、数据预处理、寻找差异、功能富集分析等方面,一步步展示了数据的挖掘分析过程。豪斯医生寓教学于例子当中,生动形象地教授了操作方法。同学们跟随着老师在自己的电脑上进行操作,对数据挖掘有了更深的理解。

  最后,豪斯医生额外扩展了TCGA数据库的相关知识。以肝癌为例,说明了数据库的应用和其价值。在为同学们介绍数据库后,他用数据库对胃癌相关基因的表达情况进行数据挖掘,来寻找新的分子靶标,在此过程中展现了数据库的强大能力。

  在本次公开课中,豪斯医生幽默、细致的讲解获得了在场同学的一致好评。在课程结束后同学们也与其进行了更进一步的交流。医学方公开课第五期使同学们深入了解了GEO、TCGA数据库并掌握了数据挖掘的众多方法,希望可以帮助在场的医学生和医生们进一步提升科研能力。

 

 

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